El grupo de científicos que integra Proyecto PAIS (Proyecto Argentino Interinstitucional de genómica de SARS-CoV-2) aseguró que una persona que cursa la enfermedad Covid-19 puede estar infectada al mismo tiempo por dos cepas del virus, de igual o distinto linaje, por lo que desarrollaron una herramienta bioinformática para detectar poblaciones mixtas entre las muestras de pacientes.
“La coinfección con dos virus SARS-CoV-2 sigue siendo un fenómeno muy poco estudiado. Aunque los métodos de secuenciación de última generación son muy sensibles para detectar poblaciones virales heterogéneas en una muestra, no existe un método estandarizado para su caracterización, por lo que se desconoce su importancia clínica y epidemiológica”, explicaron en el abstract del trabajo, publicado por Virus Research.
“Desarrollamos VICOS (Viral COinfection Surveillance), un nuevo algoritmo bioinformático para llamada de variantes, filtrado y análisis estadístico para identificar muestras sospechosas de ser poblaciones mixtas de SARS-CoV-2 a partir de un gran conjunto de datos en el marco de una vigilancia genómica comunitaria”, aseveraron.
Desarrollamos VICOS (VIral COinfection Surveillance) un software de código abierto para analizar poblaciones mixtas en secuencias de SARS-COV-2 por la tecnología Illumina! https://t.co/3FQAoqEKVS pic.twitter.com/ygJVEJgh4r
— Proyecto PAIS (@ProyectoPAIS4) January 25, 2023
Los especialistas precisaros que VICOS se utilizó para detectar coinfecciones por SARS-CoV-2 en un conjunto de datos de 1.097 genomas completos recopilados entre marzo de 2020 y agosto de 2021 en Argentina.
“Detectamos 23 casos (2%) de coinfecciones por SARS-CoV-2. El estudio detallado de los resultados de VICOS junto con un análisis filogenético adicional reveló 3 casos de coinfecciones por dos virus del mismo linaje, 2 casos por virus de diferentes linajes genéticos, 13 eran compatibles tanto con la coinfección como con la evolución intrahuésped, y 5 casos probablemente eran una producto de la contaminación del laboratorio”, subrayaron.
“La diversidad viral dentro de la muestra proporciona información importante para comprender la dinámica de transmisión del SARS-CoV-2. Las herramientas bioinformáticas avanzadas, como VICOS, son un recurso necesario para ayudar a desvelar la diversidad oculta del SARS-CoV-2”, concluyeron. (DIB) ACR